学院前身是淮阴工业专科学校电气工程系，建设初期设置有电气技术、工业自动化、电子与信息技术、数控技术等专科专业，1998、1999年与南京理工大学联合招收电气工程及其自动化专业本科生，2000年经国家教育部批准，由淮阴工业专科学校、农垦职大、机械职大、交通专科学校联合成立淮阴工学院，成为省属独立建制的本科院校，同年实现电气工程及其自动化专业的自主招生。2013年在化学工程领域专业硕士学位特需项目中新增化工过程自动化方向，次年实现化工过程自动化方向研究生招生与培养。2001年电气工程系首次更名为电子信息工程系，并于2009年更名为电子与电气工程学院。2015年7月学校进行了学科专业优化调整，将原电子与电气工程学院与计算机工程学院重组分别成立了自动化学院、电子信息工程学院、计算机与软件工程学院。
　　学院现有电气工程及其自动化、测控技术与仪器、自动化三个本科专业及化工过程自动化专业硕士培养方向。其中，自动化专业2012年遴选为省教育厅卓越工程师（软件类）教育培养计划试点专业、省教育厅重点专业类，电气工程及其自动化专业为校特色专业，2016年测控技术与仪器遴选为校品牌专业建设点。
学院内设电气工程系、自动化系、测控系、自动化中心实验室等二级教学管理部门以及淮安市电子学会，拥有江苏省中小企业仪器仪表产业公共服务平台、淮安市新型自动化技术应用中心。
　　学院现有全日制在校生1284人，专业硕士学位研究生48人。教职工56人，其中专任教师46人，教授3人，副教授15人，博士（含在读）24人，硕士生导师9人；省“333”工程第三层次培养对象1人、省“六大人才高峰”4人，省优秀共产党员1人；市“533英才工程”拔尖人才培养对象8人、市教育系统先进个人1人、市科技先进工作者1人；校教学名师1人、师德标兵4人，已形成以博士硕士为骨干和主体的、结构合理、富有朝气的教师队伍，并呈现出良好的发展态势。自2011年以来，我院教师主持市厅级以上及产学研合作项目86项，其中国家青年基金4项、国家星火计划3项、省科技厅项目4项、省“六大人才高峰”项目4项，成果产业化项目6项，获中国商业联合会科技进步三等奖1项。发表学术论文328篇，其中SCI、EI检索119篇，获市优秀自然学术论文二等奖2项。发明专利10项，实用新型专利33项。出版专著1部、教材5部，省重点建设教材1部。
　　学院拥有先进的教学科研设施和良好地实践教学环境，院中心实验室占地面积2010平方米，仪器设备总值约1400余万元，建有自动化技术、测控等二个综合实验室以及电工电子省级教学实验示范中心（共享），下设电力工程基础、电力电子与电机拖动、EDA、智能楼宇、过程控制与DCS系统、PLC、新能源与机器人技术、自动控制、计算机仿真、传感器技术、光电检测技术、智能仪器与虚拟仪器、单片机与嵌入式系统、无线传感网、创新等20个实验分室，其中自动化技术实验室在学校首届实验室评比中荣获校优秀实验室称号。学院高度重视校企合作及校外实习基地建设，先后与江苏沙钢集团淮钢特钢股份有限公司、江苏中烟工业公司淮阴卷烟厂、苏仪集团等16家设备先进、技术资源丰富的对口企业建立了稳定的产学研基地和教育实践基地，并与江苏安邦电化有限公司、淮安锦纶化纤股份有限公司等共建企业研究生工作站5个，良好的校企互动为学生的实践环节教学和实践技能培养提供了保障。
　　学生工作健康发展，毕业生总就业率始终保持在98%以上，考研录取率从2013年的11.37%逐年递增至2017年的21.45%；获批国家级、省级大学生科技创新项目11、23项；获省级以上（含省级）各类学科竞赛特等奖4项、一等奖7项、二等奖26项；江苏省先进班集体2个、淮安市周恩来班1个。
　　学院连续多年被评为校年度考核先进单位、考研工作先进单位和就业工作先进单位，2016年学院荣获省教育厅先进集体荣誉称号。